邁克爾-斯科菲爾德(Michael Scofield)終于逃出了索納(Sona)監獄，他隨即展開了一場復仇行動。在劇中，他給某人寫了一封信，在信中他警告說他將會讓公司(The Company)為他們的所作所為付出代價。“今天就是你們的祭日，”斯科菲爾德在信中寫到。在洛杉磯，他眼見著格雷奇恩(Gretchen)和惠斯勒(Whistler)從一輛由馬洪(Mahone)駕駛的豪華轎車中鉆出來，并且進入了羅斯福飯店。在喬裝打扮成一個侍者后，邁克爾走向了這群奪走了他一切的混蛋們。隨后，惠斯勒跟一個男人做了筆5千萬美元的買賣，而買賣的對象則是一枚對公司有著非比尋常價值的計算機存儲卡，拿到卡以后惠斯勒便殺了可憐的賣方。在惠斯勒正準備逃走之際，一直尾隨的邁克爾出面制服了他。在格雷奇恩進來查看到底發生了什么的時候邁克爾用槍瞄準了她，她告訴他說薩拉(Sara)仍然活著。在警察趕到的時候，三個人跑出了旅店。但是在邁克爾問出薩拉下落之前其他倆人卻早已逃之夭夭了。格雷奇恩與她的一名上司在沙漠中會面了，他告訴她說這枚存儲卡其實是個復制品。他從車上招來了殺手懷亞特(Wyatt)，但格雷奇恩隨即跟他做了筆交易保全了她的小命。邁克爾打來電話的時候林肯(Lincoln)，索菲亞(Sofia)，和LJ三人依然在巴拿馬。林肯告訴邁克爾說索納監獄在一場騷亂之中給燒成了平地。T-Bag, 蘇克雷(Sucre)，和貝里克(Bellick)三人下落不明。邁克爾拒絕跟他的親人見面，因為他得找出關于薩拉的真相。邁克爾接到一條來自Goldfinch.net的信息，對方稱他知道有關薩拉的事情。當他趕到會面地點的時候，他發現這個人其實是馬洪，而事實上則是惠斯勒想跟邁克爾談點事。惠斯勒讓邁克爾潛入一個安保措施嚴密的地點并且幫他搞到那張存儲卡的原件。馬洪說格雷奇恩已經死了，惠斯勒對邁克爾說薩拉現在在芝加哥并且身處險境。這時懷亞特現身了，并且沖著正在說話的惠斯勒的腦門送了顆子彈。在邁克爾和馬洪尋找掩體的時候，懷亞特從惠斯勒的口袋里搜出了那張存儲卡。T-Bag在睡過了Lechero的前女友，也就是索納監獄里的“修女”之后便去投奔邁克爾了。同時，身處巴拿馬的三人眾在一條小巷內被一位疑似來自公司的男人給截住了。林肯一馬當先出手撂倒了他，隨后警察出現了，林肯隨即投降而另外兩人跑走了。另一方面，懷亞特闖入了馬洪的家并且挾持了他的妻子潘(Pam)，逼迫她說出他想要知道的事情。邁克爾準備打電話找薩拉的時候卻被認出他的警察打斷了。在警察局，他見到了國家安全局的特工唐-塞爾夫(Don Self)，他許諾在邁克爾拿到公司的存儲卡之后會給他自由，因為這張卡里有著公司不可告人的內幕。馬洪回到家的時候卻被警察攔在門口，警察告訴他說如果他進去了，他一定會后悔的。不用說，潘的死相一定異常凄慘。蘇克雷和貝里克在一家醫院被警察逮到，當時蘇克雷正見他女兒第一面。唐讓邁克爾召集他所需的人手以便能完成這項行動，于是林肯，蘇克雷，貝里克和馬洪又跟他見面了。當眾人正準備商討有關行動的細節的時候，唐又告訴大家說布魯斯-本內特(Bruce Bennett)保釋了所有人。他將邁克爾引到了薩拉所在之處，兩人立馬干柴烈火地激情擁抱。在單獨相處的時候，她給邁克爾看了她在公司遭受折磨時留下的疤痕，兩人正準備你儂我儂之時懷亞特又不識時務地持槍沖入了他們的房間。在逃跑的過程中他們落下了林肯。隨后邁克爾給唐打電話說他們同意做這單生意。看起來他們跟公司的恩恩怨怨又要糾葛不清了。