1940年8月20日起，八路軍發起交通破擊戰，向敵人發動全面進攻，隨著戰役的推進，八路軍超過100個團的兵力加入作戰，給日偽軍以沉重打擊，鼓舞了中國軍民抗戰的斗志，史稱百團大戰。何應欽告訴蔣介石百團大戰的相關訊息，蔣介石好奇毛澤東在短短三年內就可以把隊伍擴大到百團，覺得毛澤東難道是變魔術，蔣介石命令何應欽不可以再讓共產黨的規模擴大了。百團大戰名震中外，朱德毛澤東任弼時等人也在討論戰役具體情況，朱德表示新兵成分太多，戰斗實力不足，毛澤東告訴他這是發展中必然出現的一個問題。要從黨政軍群各個角度發力去解決，部隊的問題根子不僅僅在部隊本身，毛澤東提出要在防御中鞏固，在鞏固中提高，在提高中反攻，不要夢想革命事業一蹴而就。不過通過百團大戰，既暴露了問題又增加了經驗。

蔣介石詢問何應欽對八路軍的壓制有無效果，何應欽回復到華北的共產黨鐵板一塊，幾次行動都受到損失，還讓八路軍白白繳獲了武器彈藥。胡宗南方面，雖然裝備精良，但戰斗力不強。1940年初，國民黨頑固派在華北發動第一次反共高潮遭到失敗，把反共中心轉到華中，一方面在華中不斷制造軍事摩擦，試圖用武力消滅新四軍，一方面又企圖通過談判，來限制人民抗日力量的發展，壓迫八路軍新四軍撤到黃河以北，同日軍配合夾擊消滅八路軍新四軍，成為第二次反共高潮的起點。

1941年1月6日，奉命北移的新四軍軍部及所屬部隊9000余人在安徽涇縣茂林地區突遭國民黨軍隊7個師8萬余人的包圍襲擊，史稱皖南事變。新四軍奮戰7晝夜，除2000余人突圍外，一部被打散，大部犧牲或被俘。軍長葉挺在與國民黨談判時被扣押，政治部主任袁國平犧牲，副軍長項英、副參謀長周子昆在突圍中被叛徒殺害。1月17日，蔣介石反誣新四軍“叛變”，宣布取消新四軍番號，聲稱將把被扣押的新四軍軍長葉挺交付“軍法審判”。毛澤東對于蔣介石的做法很是生氣，如此大開殺戒背信棄義，紅軍將士得知該消息后，更是悲慟異常，義憤填膺。毛澤東分析后覺得抗日戰爭才是最高的任務，抗日民族統一戰線也必須堅持，現在這個階段，在政治上需要攻勢，在軍事上需要守勢，必須堅決自衛。皖南事變發生時周恩來更是噙淚寫下的控訴：千古奇冤，江南一葉。同室操戈，相煎何急？

新華日報頂住壓力，把皖南事變印刷了出來，老百姓得知此事忍不住吐槽蔣介石外戰外行，內戰內行，自己人打自己人，這才是老蔣的真面目。宋慶齡得知此事后，立馬發電報給重慶。國民黨方面，陳立農早已準備了通稿，準備誣陷新四軍為叛黨。

毛澤東擔心在重慶的周恩來董必武等人的安危，立馬發電報讓他們先回延安。周恩來、葉劍英、董必武等人卻不愿意回延安，雖然早已知曉待在重慶有風險，但依舊堅持留在重慶，做好政治上的反攻。毛澤東明確了在政治上做好攻勢，在軍事上做好守勢，但依舊非常的擔心他們的安危。1941年1月，國民黨在第二次反共高潮中制造了震驚中外的皖南事變后，1月20日，中共中央軍委發布重建新四軍軍部的命令，任命陳毅為新四軍代理軍長，劉少奇為政治委員，張云逸為副軍長，賴傳珠為參謀長，鄧子恢為政治部主任。25日，新四軍新軍部在蘇北鹽城成立，將活動于隴海路以南的新四軍、八路軍部隊統一整編為7個師和1個獨立旅：第一師師長粟裕、政治委員劉炎；第二師師長張云逸（兼）、政治委員鄭位三；第三師師長兼政治委員黃克誠；第四師師長兼政治委員彭雪楓；第五師師長兼政治委員李先念；第六師師長兼政治委員譚震林；第七師師長張鼎丞、政治委員曾希圣；獨立旅旅長梁興初、政治委員羅華生。全軍9萬余人，繼續堅持在長江南北抗戰。

蔣介石感慨周恩來難對付的很，宋美齡提議蔣介石說服葉挺歸順，這樣新四軍的被動局面也算是破了。葉挺將軍嚴詞拒絕了蔣介石的威逼利誘，表達了自己絕不會把罪責推到項英身上來換取自己的自由，并打算發電報要求蔣介石槍斃自己。毛澤東周恩來等人積極推動政治上的攻勢，并告知蔣介石十二條主張。