郭鴻翔到兗州后馬上召集包括吳興武等在內(nèi)的多名官員訓(xùn)話，認(rèn)為當(dāng)中必定有人誣告欽差大臣。通判胡寧和知縣黃耐東、知縣趙興成求見郭鴻翔，承認(rèn)舉報信是他們?nèi)怂l(fā)，原因是秦升曾分別和他們談話，名義上了解賑災(zāi)事務(wù)，言語中暗含敲詐之意。郭鴻翔據(jù)三人證詞奏明朱元璋。朱元璋決定親赴兗州查辦此案。秦良綱于途中覲見朱元璋。朱元璋準(zhǔn)其隨從前往兗州探望秦升。

朱元璋在兗州府衙大堂御審秦升，胡寧、黃耐東、趙興成等人出庭作證。胡寧還招認(rèn)派往京城給秦家送去書箱的商人王克勤是他的朋友。朱元璋提審?fù)蹩饲冢踉谔蒙现刚J(rèn)命他送書箱回家的就是秦升。在而后的審訊中，胡寧等人堅持原來的供詞。

案情對秦升不利，朱元璋向張子恭詢問秦升的情況。張子恭表示并沒有發(fā)現(xiàn)秦升有索取賄賂嫌疑，不過，他透露曾有女子半夜出入秦升的房間。朱元璋無奈之下命郭鴻翔審訊秦升。

秦升在酷刑之下招認(rèn)曾分別向胡寧、黃耐東、趙興成索賄共計黃金三百四十兩，白銀五百一十兩，以及金銀首飾、珠寶首飾七件。又怕帶在身邊不便。故命胡寧安排商人王克勤替他將財物送往家中。鑒于秦升受刑中腰椎病發(fā)作，朱元璋命人將其暫押在獄中。

收押秦升后，朱元璋命張子恭繼續(xù)視察賑災(zāi)事務(wù)，而后一行人離開兗州。